A nau San Antonio comandada por o capitão Jerónimo Guerra chegava a 6 de Maio de 1521com 55 tripulantes ao porto das Muelas em Sevilha, após ter-se perdido da armada durante a procura do Estreito. História bem arquitectada e ensaiada ao longo da travessia do Atlântico, que acusava Magalhães de mandar matar os capitães Mendonça e Quesada, e abandonar Juan de Cartagena e o padre na praia de San Julián.

Sabendo do pacto feito ainda em Sevilha entre os capitães castelhanos, Diego de Barbosa, ao ver preso o capitão Álvaro da Mesquita, homem de confiança e primo de Fernão de Magalhães, como genro na Casa de Contratación de las Indias tentou sem êxito contestar a versão apresentada.

Por o Imperador Carlos V estar ausente de Espanha, era regente o Bispo Rodriguez da Fonseca, que sabendo o ocorrido ao seu provável filho Juan de Cartagena, logo enviou um barco para o ir buscar. Sob cárcere manteve o caído em desgraça da Mesquita e colocou a esposa de Magalhães em prisão domiciliária com o filho Rodrigo, o qual viria a falecer em Setembro de 1521 e sua mãe Dona Beatriz em Março de 1522. Tudo devido ao venenoso português Estêvão Gomes, que referia estar Magalhães a pensar atraiçoar o Rei de Espanha e trabalhar para Portugal. Fora um dos instigadores da revolta da tripulação do San Antonio a 8 de Novembro 1520, durante a travessia do Estreito, quando preso o capitão Álvaro da Mesquita, a nau maior e a mais abastecida fugia da armada e retornava, decorrendo a viagem pelo Atlântico sem problemas.

Fim do Império Azteca

Já no México, Hernán Cortês a 26 de Maio de 1521 preparava o cerco à capital dos Aztecas, Tenochtitlán, com 844 soldados, 84 cavaleiros e 50 mil tlaxcaltecas.

Os espanhóis em 1492 abordaram o continente americano nas primeiras viagens de Cristóvão Colombo, ficando pelas ilhas das Antilhas onde ergueram povoações, mas essas colónias eram atacadas e arrasadas pelo guerreiro povo maia, ao qual pertenciam os aztecas.

O povo maia habitava a Meso-América desde 2500 a.n.E. e a sua gloriosa cultura manteve-se até ao século XIII, quando constantes lutas internas dentro da Confederação marcaram o início do declínio de um dos mais civilizados povos do mundo. Florescera quatro mil anos, numa confederação de cidades independentes ligadas na religião, cultura e escrita comum. Cada cidade possuía um governo próprio, fazendo alianças quando o perigo aparecia.
Colombo ao explorar a costa das Caraíbas chegava a 28 de Outubro de 1492 à ilha de Cuba, mas só em 1511 os espanhóis a conquistavam, instalando aí o poder administrativo do Novo Mundo.

No entanto, sondagens à costa mexicana só foram feitas em 1518 por Juan de Grijalba, não descobrindo um bom local para aportar. Tivera uma resistência feroz dos índios, que mataram muitos dos seus, mas trouxe um bom carregamento de ouro e notícias das riquezas existentes. Instou o Governador de Cuba Diego Velásquez a realizar aí uma nova expedição e este escolheu Hernán Cortês, pois acompanhara-o nas missões de pacificação de São Domingos e na conquista de Cuba.

A 23 de Outubro de 1518, Cortês nomeado capitão recebeu as instruções para a perigosa missão de explorar o continente, mas a hesitação de Velásquez levou Cortês à ruptura. À revelia partia a 18 de Fevereiro de 1519 em direcção à costa do Golfo do México com onze barcos, cem marinheiros, 500 soldados, doze canhões, 18 cavalos e uma matilha. Em Abril, no lugar de Vera Cruz desembarcaram e daí marcharam pelo litoral para Norte, onde Cortês mandou fundar a Vila Rica de La Vera Cruz a 22 de Abril de 1519 e como quartel-general ergueu um forte, casas e a igreja. Daí escreveu a Carlos V a pedir carta régia para a cidade e a ruptura com o governo de Cuba, afim de estabelecer um novo poder. Para ter suporte legal criou o cabildo (associação de famílias nómadas) a 8 de Julho, a quem Cortês delegou os poderes que Velásquez lhe entregara. No dia seguinte, o novo poder fazia de Cortês o alcaide, chefe de justiça e capitão general.

A tentativa de sublevação de alguns espanhóis a pretender regressar a Cuba, levou-o a encalhar e desmontar os navios e daí, com eles empreendeu a marcha para o interior até Tenochtitlán, capital dos Aztecas (actual cidade do México).

A 8 de Novembro de 1519, o Imperador Azteca Moctezuma II, aconselhado pelos sacerdotes a não os confrontar, foi recebê-los e convidou-os como hóspedes para ficarem no centro da cidade, num enorme palácio com espaço para alojar os exércitos espanhóis e seus aliados índios. Dias depois, convidava Cortês a visitar a capital, que contava com 300 mil habitantes.

A situação para os espanhóis piorou bastante no ano de 1520 e após grandes mortandades e acontecimentos tristes, encontrava-se agora Cortês, a 26 de Maio de 1521 a cercar Tenochtitlán. Sitiada por 79 dias, a resistência terminou a 13 de Agosto, com a capital em total ruína. Assim, o Império Azteca, existente desde 1325, expirava três anos após a chegada de Cortês.

Até às Molucas

Morto Fernão de Magalhães em Mactán a 27 de Abril de 1521 e em Cebu degolados os capitães Duarte Barbosa e Juan Rodriguez Serrano a 1 de Maio, a expedição não foi abandonada apesar dos trágicos acontecimentos. Fugiam agora a caminho das Molucas, mas com uma insuficiente tripulação a rondar os 115 e a Concepción incapacitada para navegar, foi a nau desmontada, retirando-lhe o aproveitável, como os pregos, e queimada no dia seguinte. Restavam dois dos cinco barcos iniciais, comandando o piloto João Lopes de Carvalho a nau capitã Trinidad e Gómez de Espinosa a Victoria, mas em vez de seguirem directos para Sul, pois as Molucas ficavam na linha do Equador, desorientados, vaguearam em ziguezague e afim de obter mercadoria para as trocas, dedicaram-se ao corso. Daí chegarem ao Brunei a 9 de Julho, fazendo apenas breves saídas a terra para abastecer, mas vinte dias depois estavam as naus cercadas por dezenas de barcos indígenas. Na refrega, foram as armas de fogo a salvá-los, conseguindo capturar o filho do Rei de Luzon (a maior ilha das Filipinas) que por ali andava. Perderam-se alguns tripulantes, então em terra e entre outros o filho brasileiro de Lopes de Carvalho, preteridos por ouro na troca com o príncipe, querido do sultão do Brunei. A 16 de Setembro, devido aos desatinos como piloto e capitão, Carvalho foi substituído por Gómez de Espinosa, que passou a comandar a armada e cedeu a nau Victoria a Juan Sebastián de Elcano.

Partiam a 27 de Setembro para Sudeste, desfazendo o errado rumo até então tomado e daí dar à baía de Butuán, na parte Norte da ilha de Mindanao, onde encontraram um junco chinês que ia para Maluco e os levaram à ilha de Tidore, onde chegaram a 8 de Novembro de 1521, sendo bem acolhidos por o sultão Almanzor.

Meses antes aí morrera envenenado Francisco Serrão, que vivia nas Molucas em Ternate e como homem de armas desse sultão viera em guerra à inimiga Tidore. Na mesma altura, encontrava Magalhães a morte, ficando assim por realizar o encontro combinado entre ambos para as Molucas.